Desa Sungai Kapitan dulu adalah statusnya kampung kemudian diubah menjadi Desa yang diberi nama Sungai Kapitan, dengan riwayat nama tersebut menurut sejarah berdiri nya Desa Sungai Kapitan berawal sejak tahun 1955, diambil dari nama salah seorang serdadu Belanda berpangkat Kapten yang meninggal dalam peperangan melawan pejuang kita yaitu Indonesia, yang kemudian dimakamkan persis di dekat sungai yang saat ini berada di RT. 01 Desa Sungai Kapitan Kecamatan Kumai dan nama serta pangkatnya diabadikan menjadi Desa Sungai Kapitan hingga saat ini. 

Desa Sungai Kapitan semenjak terbentuk pada tahun 19955 hingga saat ini telah dipimpin oleh 6 (enam) orang Kepala Desa. 

Dulsiam (Alm) : 1955 - 1967

H. Kaspul (Alm) : 1967 - 1994

Kamijan  : 1994 - 2002

Ansyari, S.Pd : 2002 - 2007 

Januardin : 2007 - 2013

Mulkan : 2013 - 2025